Résumé :
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L’objectif de cette thèse est d’étudier les facteurs intervenant dans la dynamique de la biodiversité dans les paysages agricoles, en considérant les processus dans la dynamique des communautés et des populations, et le mouvement des individus. L’originalité de nos travaux a été la prise en compte explicite des activités agricoles à différentes échelles d’espace et de temps, comme déterminant la qualité des ressources, mais également comme facteur d’organisation et de dynamique du paysage. Nous avons montré que, si les effets des activités agricoles sur la biodiversité sont observés aux différents niveaux pris en compte, les facteurs qui interviennent aux niveaux supérieurs (paysage et systèmes de production agricoles) ont un effet plus important en comparaison de ceux des niveaux inférieurs (qualité des ressources et pratiques agricole. Les résultats nous permettent d’affirmer que l’effet du paysage est plus important pour expliquer les patrons de biodiversité que les conditions locales. La composition et l’organisation spatiale du paysage déterminent la composition des communautés, la distribution des populations et le mouvement des individus. Ainsi, la présence et l’abondance des carabiques forestiers dans les milieux permanents dépendent plus de la présence et de la quantité d’éléments boisés alentour que de la qualité des ressources (type et densité du couvert végétal) à l’échelle locales). La composition et la structure du paysage sont fortement liées à la nature et l’intensité des systèmes de production agricole actuels . Localement, les pratiques agricoles déterminent la capacité d’accueil des habitats pour les espèces, en modifiant la qualité des ressources (nourriture, microclimat, refuges, etc.). Les modifications de la qualité des ressources sous l’effet des pratiques agricoles interviennent également sur la distribution des espèces en inhibant les flux d’individus au niveau du paysage. Nous avons constaté que certaines pratiques ou régimes de pratiques peuvent ainsi conduire à un isolement spatial des populations de Maniola jurtina dans certaines taches de ressources et influencer la survie de cette espèce à plus ou moins long terme. La sensibilité de la biodiversité aux pratiques agricoles conduites localement dépend fortement des caractéristiques du paysage. La réponse des communautés aux pratiques agricoles dépend de la composition et la structure du paysage, qui déterminent la présence des espèces les plus sensibles aux perturbations. Au regard de nos résultats, nous pouvons également distinguer les réponses de la biodiversité aux activités agricoles selon différentes échelles temporelles. A l’échelle locale, nos résultats ont mis en évidence que les pratiques agricoles ont un effet peu marqué sur la biodiversité à court terme. Les communautés de carabiques répondent immédiatement aux perturbations des ressources mais retournent à leur état initial avant perturbation, suggérant une certaine résilience du système. Au niveau des populations de papillons, la fauche n’entraîne à court terme que des modifications localisées de la distribution des individus. Au contraire, les régimes pluri-annuels de gestion ont un impact plus marqué sur la structuration des communautés ou la survie des populations, en relation avec l’instabilité des milieux sous l’effet des perturbations répétées des ressources. Nos résultats nous semblent fondamentaux dans le sens où ils apportent un regard nouveau quant à l’étude des déterminismes de la biodiversité dans les paysages agricoles. Ainsi, la compréhension des effets de l’intensification agricole sur la biodiversité nécessite de considérer les activités agricoles à différentes échelles spatiales et temporelles. Nos résultats soulignent l’importance de faire le lien entre les la nature et l’intensité des systèmes de production agricoles et les caractéristiques du paysage, en terme de structure du réseau d’éléments permanents, mais également en terme de diversité et organisation des régimes de pratiques. En premier lieu, il n’y a pas une « échelle du paysage » définie a priori. Nous avons également montré que les différentes espèces de carabiques ne répondent pas aux mêmes variables du paysage : certaines espèces répondent à la quantité d’éléments boisés au sein du paysage, d’autres semblent plus sensibles à la présence d’éléments permanents herbeux, et d’autres encore à celle des cultures. Nos résultats montrent que la composition et la structure du paysage sont un élément prioritaire à intégrer dans l’élaboration des plans de gestion et d’aménagement pour la conservation de la biodiversité.
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